El CCN-CERT, como CERT Gubernamental Nacional colabora con todos los organismos públicos y empresas de interés estratégico para el país en la detección, notificación, evaluación, respuesta, tratamiento, y aprendizaje de incidentes de seguridad de información o ciberincidentes que puedan sufrir sus sistemas. 

En este proceso, realizado siempre en la más absoluta confidencialidad entre ambas partes, el CCN-CERT brinda apoyo técnico y operativo, tanto en las etapas de detección, como reacción, contención y eliminación. A ello se une una política preventiva, en la que trabaja un equipo de expertos destinados a investigar sobre técnicas empleadas, tendencias, soluciones y procedimientos más adecuados para hacerles frente, incluyendo metodologías para recopilar y analizar datos y eventos, procedimientos de tipificación de su peligrosidad y priorización de los mismos.

Actúa además como Nodo de Intercambio de Información de Ciberincidentes en los Sistemas de Información de las Administraciones Públicas y como principal coordinador con los organismos adecuados del intercambio de información.

Su presencia como CERT Gubernamental Nacional en todos los foros internacionales con organizaciones similares de otros países  le proporciona una información muy valiosa para una gestión rápida y eficaz de cualquier incidente.